细粒棘球绦虫EGR_09314蛋白的生物信息学分析

目的 利用生物信息学的方法预测、分析细粒棘球绦虫EGR_09314蛋白的结构、功能和生物学特性等,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础.方法 从NCBI数据库中下载EGR_09314基因的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,利用ORF Finder在线工具分析该基因的开放阅读框;利用Prot-Param预测蛋白的理化性质,PotScale预测其亲水性和疏水性,NetPhos 3.1 Server预测其磷酸化位点,NetNGlyc预测其糖基化位点,GPS-SUMO2.0预测其棕榈酰化修饰位点;利用SOPMA预测蛋白的二级结构,SWISS-MODEL预测蛋白的三级结构;利用Euk-mPLoc 2.0分析其亚细胞定位,SignalP 4.1Server分析其信号肽位置,TMHMM分析跨膜区域,SMART预测其结构域位置;应用ABCpred和IEDB预测EGR_09314蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB预测其T细胞抗原表位.结果 细粒棘球绦虫EGR_09314蛋白是由491个氨基酸组成的亲水性蛋白,其分子式为C2446 H3895 N719O733 S33.该蛋白含有信号肽,且含有1个跨膜区域,位于第3-25位氨基酸,该蛋白定位于细胞膜及细胞外.二级结构中α螺旋结构占35.03％,延伸链结构占13.85％,β折叠结构占5.30％,无规则卷曲结构占45.82％.EGR_09314蛋白存在45个磷酸化位点,3个糖基化位点,6个棕榈酰化修饰位点.EGR_09314蛋白有8个B细胞优势表位,8个细胞毒性T细胞(CTL)优势表位和8个辅助性T细胞(Th)优势表位.结论 生物信息学预测EGR_09314蛋白可能是一种跨膜蛋白,也具有分泌性蛋白的特点,存在多个B、T细胞表位,为该蛋白的基因克隆表达及细粒棘球蚴病的诊断或疫苗候选抗原筛选提供了理论基础.