石斑鱼PPAR-δ基因SNP位点和单倍型与抗虹彩病毒和神经坏死病毒抗性的关联

[目的]获得石斑鱼Epinephelus spp.抗病分子标记,选育石斑鱼抗病品系以解决石斑鱼病害频发的问题.[方法]基于免疫基因PPAR-δ的基因组DNA序列开展单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选,并对这些位点分别进行石斑鱼虹彩病毒(Singapore grouper iridovirus,SGIV)和神经坏死病毒(Red-spotted grouper nervous necrosis virus,RGNNV)抗性的关联分析.[结果]在SGIV感染的易感组和抗感组样品中共筛查到 9 个SNP位点,均位于内含子中;多态信息含量(Polymorphism information content,PIC)的范围为 0.177～0.375,其中,SNP-S1(g.940T>A)属于低度多态(PIC<0.25),其余SNP位点属于中度多态(0.25≤PIC<0.50);关联分析结果显示,SNP-S7(g.4595T>A)基因型频率在SGIV易感组和抗感组中存在显著差异分布(P<0.05),SNP-S7 的TT和AA这 2 种纯合子基因型与SGIV抗感性状相关,而AT杂合子基因型与SGIV易感性相关.在RGNNV感染的易感组和抗感组样品中共筛查到 8 个SNP位点,其中,SNP-N1 位于外显子中,属于同义突变,其余SNP均位于内含子中;PIC的范围为 0.106～0.317,其中,SNP-N1(g.324G>A)和SNP-N2(g.883A>G)属于低度多态(PIC<0.25),其余SNP属于中度多态(0.25≤PIC<0.50);关联分析表明,SNP-N5(g.2510C>T)基因型频率在RGNNV易感组和抗感组中存在显著差异分布(P<0.05),SNP-N5 的CT基因型与RGNNV抗感性状相关,CC基因型与RGNNV易感性状相关.[结论]本研究在PPAR-δ的基因组DNA序列中分别筛选到与SGIV和RGNNV抗性相关的SNP标记各 1 个,可以为石斑鱼抗病育种提供技术支持和理论依据.