2021年湖南省人民医院新生儿副肠孤病毒的遗传进化分析

目的:初步了解湖南省人民医院新生儿中副肠孤病毒的流行情况，分析其遗传进化特征。方法:2021年6~9月份在湖南省人民医院采集住院新生儿粪便标本，采用TaqMan real-time qPCR和RT-PCR方法进行人副肠孤病毒(human parechovirus, HPeV)的筛查和分型，采用高通量测序和RT-PCR方法扩增其全基因组，序列测定后进行系统发育分析。结果:共采集新生儿粪便样本123份，其中HPeV阳性为22份，阳性率为17.89%，分型结果显示所有毒株均属于HPeV-1基因型；扩增获得1株HPeV基因组全长为7 269 bp，命名为Hunan/HPeV/2021，该基因组具有典型的HPeV基因组结构；序列比对结果显示该毒株与GenBank中已知的HPeV-1型的基因组核苷酸序列具有最高同源性，为86.6%~91.9%；其编码的唯一的长开放阅读框(open reading frame, ORF)长度为6 540 nt，与已知相似序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为90.3%~92.6%和97.3%~98.3%；系统发育分析显示该病毒株属于HPeV-1型进化分支，与我国流行的HPeV-1型毒株聚为同一分支。结论:在湖南省人民医院新生儿中HPeV具有较高的检出率且均为HPeV-1型。