贵州白山羊PRDM16基因变异及生物信息学分析

为探究贵州白山羊PRDM16基因的分子特征及编码蛋白的结构特征.本研究以贵州不同类群贵州白山羊为研究对象,采集128份血液并提取DNA.根据NCBI中GengBank的山羊PRDM16基因序列(登录号:NC_030823),应用Premier 5.0软件设计特异性引物,用PCR技术进行混合测序检测基因多态性,利用相关生物信息学分析软件预测分析PRDM16基因的理化性质、疏水性、跨膜结构、亚细胞定位、信号肽、结构域、磷酸化位点、编码蛋白的二级和三级结构、系统进化树构建及蛋白互作信息.结果表明,PRDM16基因序列中存在g.342 G/A突变,生物信息学分析发现PRDM16基因CDS区全长3814bp,共编码1271个氨基酸,分子式为C6133 H9545 N1717 O1904 S57,原子总数为19356个,相对分子质量为139624.04kU,带负电荷的残基总数为172个,带正电荷的残基总数为143个,不稳定指数为58.72,理论等电点(PI)为5.93,为酸性不稳定蛋白,亲水性平均值(GRAVY)为-0.671,脂肪族指数为62.77,估计半衰期为30h,总体表现亲水性,没有跨膜结构及信号肽区域,二级、三级结构多为无规则卷曲,含141个磷酸化位点(酪氨酸19个,苏氨酸39个,丝氨酸83个).同源分析中可知,山羊与牛序列最为相近.其编码蛋白与KDM1A、ZNF516和PPARG等蛋白相互作用性最好.研究通过分析贵州白山羊PRDM16基因分子特征及生物信息,以期为山羊的繁育及其生长性状的分子遗传学提供一定的理论依据.