用于单细胞RNA分析的循环肿瘤细胞团捕获和单细胞分离方法的质量评估

循环肿瘤细胞团(Circulating tumor cell cluster,CTC cluster)的单细胞分析对CTC cluster的生物学效应分析极其重要.为了使CTC cluster单细胞分析可以获得最有效的结果,分析前的捕获和单细胞分离的过程必须能够保持CTC cluster的完整性和细胞内部RNA的完整.本研究通过单细胞RNA测序中的逆转录方法逆转录并定量3个看家基因进行RNA质控,同时测量CTC cluster的横向直径用于评估CTC cluster的完整性,从而测定CTC cluster捕获和单细胞分离过程对CTC cluster单细胞分析结果的影响.分别采用胰酶-EDTA和非酶细胞解离溶液(Non-enzymatic cell dissociation solution,NECDS)分离CTC cluster中的单细胞,并考察了单细胞分离过程对胞内RNA的影响.考察了负向富集、正向富集和膜过滤捕获方案中不同操作流程对CTC cluster完整性和单细胞内RNA完整性的影响.结果表明,NECDS可快速分离CTC cluster中的单细胞且不会对细胞内RNA产生影响.捕获CTC cluster时,发现旋转孵育以及红细胞裂解处理都会破坏CTC cluster的完整性.因此,含有类似操作步骤的捕获方案均不适合CTC cluster,而操作流程精简的正向捕获方案具有最好的CTC cluster捕获效果,并且不会影响胞内RNA的质量.因此,CTC cluster的单细胞RNA研究需要温和的捕获和单细胞分离方案.本研究为CTC cluster单细胞分析提供了有效的样品制备策略.