心脏病动物模型比较转录组学数据库的构建

目的 整合心脏病动物模型与心脏病患者基因表达谱,系统表征基因表达差异,筛选差异基因,分析基因表达异同,为动物实验与比较医学研究提供依据.方法 从公共数据库下载心脏病动物模型与患者的基因芯片、转录组数据.按照物种、病种、病程等对数据进行整理、标准化处理、批次校正,转换为数据库可用格式,搭建在线数据库.结果 心脏病动物模型比较转录组学数据库实现基因、功能通路全局检索查询,分析基因在不同物种(人与小鼠)、不同病种、不同组织、不同病程的表达.交互式展示样品表达谱,可视化基因表达量,进行比较分析.在线差异基因挖掘,功能通路富集鉴定,探索差异、易感基因参与调控的生物过程,解释易感机制,提供在线数据分析.结论 本文建立了心脏病动物模型比较转录组学数据库,为心脏病基因水平研究提供数据资源与在线分析工具.