植物发育相关miR828基因家族靶基因预测及生物信息学分析

MicroRNAs(miRNAs)是一类小的调节性RNA.miRNAs在生物体内许多自然和病理过程中发挥重要作用.为了研究植物miR828家族特征及生物学功能,利用生物信息学方法对miR828成员二级结构、靶基因预测、序列比对、进化树进行分析.通过PmiREN数据库获取miR828家族成员的前体和成熟序列,通过前体序列在线预测二级结构,通过成熟序列进行序列对比、预测靶基因并构建进化树.从数据库中共获得45个成熟miR828成员,仅分布在被子植物中.前体和成熟miRNAs在植物进化过程中高度保守.二级结构预测发现,植物miR828家族成员都能形成稳定的茎环结构.靶基因预测分析发现,miR828家族靶基因包括结构域蛋白、转录因子、载体蛋白、泛素连接酶等,多为MYB转录因子及MYB结构域蛋白.进化树分析表明,miR828家族成员间的亲缘关系较近.这些结果为进一步研究植物miR828家族特征及功能提供了基础.