无锡市新型冠状病毒感染不同流行时期病例的全基因组特征分析

目的:了解无锡市不同流行时期新型冠状病毒(SARS-CoV-2)全基因组序列特征及其突起蛋白的变异情况。方法:对无锡市2020年1月至2月的6例新型冠状病毒感染(COVID-19)本土病例和2021年3月至9月的13例COVID-19输入病例的鼻咽拭子样本提取病毒核酸，扩增全基因组序列，构建测序文库，并采用二代测序仪上机测序。以NC_045512.2为参考株，使用CLC Genomics Workbench(21版)软件分析下机数据。采用MEGA 7.0软件构建系统进化树，采用Nextstrain分型法和系统发育归类命名全球暴发分支(Pangolin)分型法鉴定型别。结果:19例COVID-19患者中，Nextstrain分型有5种亚型，Pangolin分型有7种亚型。与参照株NC_045512.2相比，核苷酸突变位点范围为0~42个，中位数为29个；核苷酸突变造成氨基酸突变位点范围为0~34个，中位数为20个。6例本土病例与13例输入病例无共有的核苷酸突变位点，处于不同的进化分支。6例本土病例属于大流行早期病例，其病毒序列与参考株NC_045512.2序列高度同源，进化距离接近参考株；13例输入病例明显分成3个进化分支(阿尔法、贝塔、德尔塔变异株)。4例贝塔变异株突起蛋白共享8个氨基酸突变位点，2例阿尔法变异株突起蛋白共享8个氨基酸突变位点；7例德尔塔变异株突起蛋白共享5个氨基酸突变位点。结论:SARS-CoV-2在流行中不断出现新的变异株，随着核苷酸位点数的增加，有可能引起突起蛋白氨基酸的改变，因此开展全基因组测序分析可对疫情精准溯源和防控措施的调整起到至关重要的作用。