类风湿关节炎外周血单核细胞circRNA-miRNA-mRNA网络构建及关键基因预测

目的 探索类风湿关节炎(RA)外周血单核细胞中环状RNA(circRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)网络及关键基因.方法 在基因表达数据库GEO中获取相关数据集GSE189338、GSE124373、GSE55457,通过R语言Limma包、edgeR包对circRNA、miRNA及mRNA进行差异表达分析,根据ceRNA网络关联数据通过Cytoscape3.8.0软件构建circRNA-miRNA-mRNA网络;通过R语言pheatmap包、reshape2包、ggpubr包对ceRNA网络节点进行热图和箱线图分析,并对差异表达的mRNA进行GO富集和KEGG通路分析.结果 筛选出58个差异表达circRNA、35个差异表达miRNA及150个差异表达mRNA;根据ceRNA网络关联数据并运用Cytoscape 3.7.1软件,最终筛选出10个circRNA、8个miRNA和38个mRNA构建circRNA-miRNA-mRNA可视化网络;通过对ceRNA网络节点进行箱线图分析,在RA中发现高表达circRNA5个,低表达circRNA4个,高表达miRNA4个,低表达miRNA4个,高表达mRNA17个,低表达mRNA7个;GO分析共得到条目289个,其中生物学过程(BP)主要富集于B细胞活化、分化及增殖、淋巴细胞分化等252个条目中,细胞定位(CC)主要富集在质膜外侧、RNA聚合酶Ⅱ转录抑制物复合体等5个条目中,分子功能(MF)主要富集在纤连蛋白结合、细胞因子结合、受体配体活性等32个条目中;KEGG分析显示,差异mRNA主要富集在造血细胞谱系、原发性免疫缺陷、B细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路等.结论 共发现10种circRNA及其相关的ceRNA网络在RA发病中的作用,这些基因及相关通路可为RA的诊断治疗提供新靶点.