基于GEO数据库分析影响纳武单抗及派姆单抗治疗非小细胞肺癌疗效的差异基因

目的:筛选影响纳武单抗和派姆单抗治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)疗效的差异基因，为免疫治疗药物的选择及治疗预后提供参考。方法:通过GEO数据库搜索"Nivolumab"、"Pembrolizumab"找到目的芯片，下载免疫治疗相关表达芯片"GSE93157"，筛选NSCLC相关样本共35个，利用R语言数据包对样本进行表达差异基因进行聚类分析。对差异基因进行基因功能注释GO分析和KEGG通路分析，构建蛋白相互作用网络，筛选枢纽基因进行生存分析，确定影响不同抗程序性细胞死亡蛋白1药物治疗的关键基因。结果:筛选出影响纳武单抗治疗疗效差异基因共58个，其中免疫相关基因25个；影响派姆单抗治疗疗效差异基因231个，免疫相关基因82个。基于两种药物免疫相关差异基因的蛋白互作网络提示纳武单抗共得到2个子网络，主要模块共11个节点，51个边；派姆单抗共得到4个子网络，主要模块共24个节点，231个边。影响两种药物治疗疗效的前10位主要免疫相关基因生存分析，显示生存差异具有统计学意义(P<0.05)的基因，与纳武单抗相关的免疫差异基因为CD5、CD22、CR2、CD40LG。与派姆单抗相关的免疫差异基因为CTLA4、SELL、IL7、CD40LG、CD2、IL7R。结论:纳武单抗治疗NSCLC患者的关键免疫相关差异基因CD5、CD22、CR2；派姆单抗治疗NSCLC的关键免疫相关差异基因为CTLA4、SELL、IL7、CD2、IL7R。两种药物共同免疫相关差异基因为CD40LG，有望成为抗PD-1抑制剂治疗NSCLC预后预测的潜在生物标志物及靶点。