小麦苗期根系性状的全基因组关联分析与优异位点挖掘

[目的]植物根系对水分及营养的获取、作物的生长发育和产量的形成至关重要.挖掘小麦苗期根系性状显著关联的SNP位点,预测相关候选基因,为解析小麦根系建成遗传机制及选育具有优良根系构型的小麦品种奠定基础.[方法]以189份小麦品种组成的自然群体为供试材料,调查2种培养条件(霍格兰营养液和去离子水)下培育21 d的苗期根系总长度(TRL)、根系总表面积(TRA)、根系总体积(TRV)、根系平均直径(ARD)及根系干重(RDW)等5个根系性状,试验进行2次重复,同时结合小麦660K SNP芯片的分型结果进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS).此外,通过序列比对、结构域分析和注释信息预测候选基因,并采用竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele specific PCR,KASP)技术开发根系性状的分子标记.[结果]霍格兰营养液培养条件下的根系性状变异范围较大,根系整体粗短;而去离子水条件下的根系细长、侧根较多.选用贝叶斯信息与连锁不平衡迭代嵌套式模型(BLINK)、压缩式混合线性模型(CMLM)、固定随机循环概率模型(FarmCPU)以及混合线性模型(MLM)4个模型,结合2种培养条件下的根系性状进行全基因关联分析,共检测到95个与小麦苗期根系性状显著关联的QTL位点(P＜10-3),其中,有18个QTL在2个条件下同时被检测到,分布在7A、1B、2B、3B、7B、1D、2D及3D染色体,可解释8.68％-14.07％的表型变异.筛选获得的显著性位点中,有4个与前人的研究相近或一致,其余为新发现QTL位点.对共定位的SNP进行单倍型分析,有10个SNP能够将供试材料分为2种单倍型,且单倍型间的根系性状具有显著差异,同时,基于这些SNP开发KASP标记,筛选到与根系总体积及根系干重相关的2个KASP标记(XNR7143和XNR3707).进一步挖掘共定位SNP位点上下游区间内的基因,筛选到12个可能与根系发育相关的候选基因,其中,TraesCS7A02G160600编码酰基载体蛋白合成酶,参与根系脂肪酸的合成;TraesCS1B02G401800编码突触融合蛋白,对植物重力向性具有重要作用;TraesCS7B02G417900编码醛脱氢酶,参与脱落酸的合成,从而调控作物根系发育.[结论]小麦根系性状在不同基因型间差异显著,在2个条件下同时检测到18个显著QTL位点,开发了 2个根系分子标记(XNR7143和XNR3707),并筛选出12个与根系性状相关的候选基因.