基于Survey分析的濒危植物四合木基因组研究

评价濒危植物四合木(Tetraena mongolica)基因组的大小及复杂程度,开展基因组研究可揭示四合木的超旱生机制,进一步挖掘其特色基因资源.为更好破解四合木的全基因组信息,采用第二代高通量测序技术的基因组Survey分析技术开展四合木基因组大小估测研究,并利用生物信息学方法估计了四合木杂合率、重复序列和GC含量等基因组信息.结果表明:四合木基因组大小为1079.25 Mb,修正后的基因组大小为1065.84 Mb,杂合率为0.76％,重复序列比例为75.25％,GC含量为33.57％.在经过四合木基因组初步组装后,获得3502126条contigs,总计682 Mb,其N50为187 bp,推测四合木基因组属于同源四倍体复杂基因组,全基因组测序组装难度较大.由于四合木的高杂合率,后续可采用第三代高通量测序技术(单分子测序)同时结合染色质区域捕获技术,有望最终获得高质量的四合木全基因图谱.