荸荠淀粉分支酶CwSBEII基因的克隆及其表达分析

[目的]克隆荸荠(Eleocharis tuberosa)淀粉分支酶CwSBEII基因,分析该基因的蛋白功能特性及其在荸荠不同组织以及不同膨大时期的表达模式,为进一步深入研究CwSBEII基因的功能提供理论参考.[方法]采用RT-PCR的方法克隆得到CwSBEII基因的cDNA序列,通过生物信息学分析其蛋白功能特性,利用荧光定量PCR法检测该基因在荸荠球茎中的时空表达特征.[结果]成功克隆得到CwSBEII基因,该基因的开放阅读框(ORF)长度为2547 bp,编码848个氨基酸.CwSBEII蛋白分子量为96100.52 Da;理论等电点(pI)值为5.24,不稳定指数为41.07,GRAVY为?0.473,属于不稳定亲水蛋白.系统进化分析表明,荸荠与禾本科的小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)的SBEII蛋白聚为一支,亲缘关系最近.荧光定量PCR结果表明,CwSBEII基因在根、叶片、荸荠皮以及荸荠肉中均有表达,但在叶片中的表达量最高.在荸荠球茎膨大初期CwSBEII基因表达出现明显上调.[结论]CwSBEII基因在荸荠中特异性表达,在叶片中的表达量最高,膨大初期表达明显上调,推测该基因在荸荠淀粉合成中发挥着重要作用.