PTD-FNK蛋白影响猪睾丸支持细胞抗热应激能力的转录组学分析

旨在通过转录组测序和生物信息学分析评价PTD-FNK蛋白对猪睾丸支持细胞抵抗热应激能力的作用机制.将原代培养的睾丸支持细胞分为对照组、热应激(HS)组和热应激+PTD-FNK蛋白(HS+PR)组,HS+PR组添加0.1 nmol/L的PTD-FNK蛋白溶液作用1 h,对照组和HS组分别用等体积的PBS作用1 h,而后HS组和HS+PR组43℃热处理1 h,对照组37℃处理1 h.分别提取3组细胞总RNA,通过转录组测序进行分析,共获得76.75 Gb的有效数据(clean reads),各样品有效数据均达到7.11 Gb以上,测序质量较好.对照组与HS组相比共有270个差异表达基因(DEGs),其中上调基因193个,下调基因77个;HS组与HS+PR组相比共有3 649个DEGs,其中上调基因1430个,下调基因2 219个.基因本体(GO)注释结果显示,对照组与HS组相比以及HS组与HS+PR组相比,DEGs主要富集在细胞过程、细胞成分、结合、生物调节、代谢过程上,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路主要富集在磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路以及癌症通路等.综合基因表达水平的分析,挖掘到包括分化抑制剂3(ID3)、组蛋白2A变异体(H2AX)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1C(CDKN1C)、肿瘤抑制蛋白p53(TP53)、诱导DNA损伤的转录因子3(DDIT3)、重组酶(RAD51)等调控细胞增殖与凋亡的DEGs.本研究为分析PTD-FNK蛋白的作用提供了新的参考和理论依据.