中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

[目的]地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据.[方法]对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1283份的线粒体DNA片段(D-loop,519 bp)遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史.通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源.[结果]从1283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点.定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43％、49.26％、18.55％、16.37％、0.31％和0.08％.河南省单倍型类群最丰富(6个);广东省单倍型数量最多(61),浙江省(19)和海南省(12)较少.单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中.从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区.从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区.中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d..河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低(0.736±0.076),江西省的核苷酸多样性最低(0.00981±0.00072).在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低.文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合.地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内.中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史.[结论]结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护.地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史.东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献.