新疆喀什地区安格斯犊牛腹泻主要病毒性病原调查及牛诺如病毒全基因序列分析

[目的]调查新疆喀什地区安格斯犊牛腹泻主要病毒性病原流行情况及牛诺如病毒(Bovine norovirus,BNoV)全基因组遗传关系.[方法]采用RT-PCR技术分别对2021年不同季节在喀什4个牛场采集的363份犊牛腹泻粪便样品进行牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)、牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)、牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)和BNoV 4种病毒性病原检测,并对扩增获得的BNoV全基因序列进行分析.[结果]BCoV和BNoV检出率较高,分别为36.09％(131/363)和25.07％(91/363),混合感染中BCoV+BNoV检出数量最多,阳性率为44.00％(22/50).对喀什地区4个场区进行检测,其中A场主要检测出BCoV和BNoV,检出率分别为43.52％(47/108)和32.41％(35/108);B场主要检测到BCoV,检出率为52.21％(71/136);C、D场病原检出率普遍较低.秋、冬季检出量最多的病毒分别为BNoV和BCoV,检出率分别为66.67％(50/75)和77.59％(90/116).对BNoV全基因序列分析显示,本试验检测到的新疆喀什地区BNoV Bo/XJ-KS/01/CHN株(登录号:ON076888)属于GⅢ.2型BNoV,与中国CN/HB-SJZ和CH/HB/BD/2019毒株在进化树中处于同一分支,且与CN/HB-SJZ-2毒株核苷酸相似性最高,为93.70％;与英国分离到的Jena/1999/UK毒株核苷酸相似性最低,为72.49％.进一步对3个开放阅读框(ORF)比对分析发现,测得的BNoV全基因组序列与国内参考株CN/HB-SJZ-2的核苷酸和氨基酸相似性主要是在ORF1区域最高,分别为94.24％和98.69％;与国外参考株Jena/1999/UK的核苷酸和氨基酸相似性主要是在ORF3区域最低,分别为63.59％和64.57％.与国内外毒株比对结果显示,未出现基因重组现象.[结论]南疆地区犊牛腹泻流行情况因季节、场区不同有一定的差异.病毒性病原主要在秋、冬季感染率较高,以单一 BCoV、BRV和BNoV感染为主.本研究测定分析的BNoV GⅢ.2型Bo/XJ-KS/01/CHN全基因序列与中国CN/HB-SJZ-2参考株亲缘关系最近,与国内外全基因组参考序列比对未出现基因重组现象.