绒山羊皮肤全长转录组测序及生物信息学分析

为能够更精准地得到绒山羊皮肤mRNA全长序列和完整结构信息,并对新基因和Iso-form进行更全面的分析以对绒山羊转录组数据进行补充,以绒山羊作为试验动物,使用SMRT测序技术,对绒山羊皮肤组织混合样品进行全长转录组测序,并使用T ransDecoder、Astalavista和Cytoscape等分析工具对其编码区序列及其对应氨基酸序列、可变剪接类型以及基因功能富集进行预测分析.结果表明:1)测序共获得42.41 Gb clean data的数据,CCS(Circular consensus sequencing)591 585条,其中全长非嵌合序列466 058条.2)共鉴定出6 166个新基因,55 875 条新转 录本,SSR(Simple sequence repeat)66 951 个、ORF(Open reading frame)序列39 346 条、TF(Transcription factors)5 641个及10 927个lncRNA,并完成49 573条新转录本的功能注释.3)鉴定出25 717种可变剪接,其中内含子保留为主要的剪接方式,基于功能富集分析结果和可变剪接位点信息发现黑素皮质素1受体(Melanocortin 1 receptor,MC1R)与微管蛋白 3 类(Tubulin-β-Ⅲ,TUBB3)可发生可变剪接,共用 TUBB3 第一外显子.鉴定的lncRNA中新lncRNA 8 251个,主要类型为内含子lncRNA.本研究更精准地得到了绒山羊皮肤mRNA全长序列及完整结构信息,为进一步研究绒山羊皮肤基因结构及互作机理奠定基础,同时为绒山羊基因组资源进行了数据补充.