肿瘤微环境免疫细胞中差异lncRNA对肝细胞癌预后的预测价值

目的 通过生物信息学分析肝癌微环境免疫细胞亚群的组成情况,绘制差异表达lncRNA图谱,并构建风险模型预测肝癌预后.方法 下载并分析GEO数据库中肝细胞癌(HCC)单细胞转录组数据GSE140228,比较肝癌和癌旁免疫细胞亚群的组成及lncRNA表达差异,并绘制差异表达的lncRNA图谱,分析差异lncRNA在免疫细胞中的富集情况;分析TCGA数据库中差异lncRNA与肝癌患者生存预后的关系,单变量Cox回归分析lncRNA的风险比(HR),多变量Cox分析构建风险评分模型,并使用受试者工作特征曲线(ROC)检测风险评分模型预测患者预后的能力.结果 与癌旁组织比较,肝癌组织中C1QA+Mψ细胞更为富集,而CD160+NK细胞较少;肝癌组织及癌旁组织的不同免疫细胞中差异表达的lncRNA有51个,绘制不同免疫细胞中差异表达的lncRNA图谱,进一步分析得到肿瘤微环境免疫细胞中特异性表达的lncRNA有42个,其中共同变化的34个lncRNA中有5个与预后相关(P<0.05),按照设置的条件筛选后构建了由4个lncRNA(LINC00861、LINC01138、THUMPD3-AS1和DANCR)组成的HCC预后模型;生存分析表明,高风险组预后较差;多因素分析及ROC分析表明,风险评分能够作为独立的预后因素(P<0.05).结论 HCC患者肿瘤组织的免疫细胞lncRNA表达谱具有特异性,根据特异性表达谱筛选的lncRNA构建的预后模型在评估HCC患者预后方面具有潜在价值.