猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析

辽宁地区某猪场发现疑似断奶仔猪多系统综合征（PMWS）,经临床症状、病理变化和PCR检测,确诊为猪圆环病毒3型（PCV3）感染;根据Gen Bank中收录的PCV3基因序列,设计2对特异性引物,从患有PMWS的仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列,克隆到p MD18-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长c DNA序列,利用DNAStar和DNAman生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果显示:PCV3毒株基因组全长2 000 bp,命名为CN/Liaoning-2017 （简称LN株）（GenBank登录号:MH177453. 1）,基因组有3个开放阅读框（ORF）,其中2个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白（Rep）和衣壳蛋白（Cap）同源。Cap基因大小为645 bp,编码214个氨基酸。PCV3国内株可分为3大分支（3a簇、3b簇与3c簇）,LN株处于3a簇分支中,与湖北株（KY354039. 1）同源性最高,达到99. 7%; LN株与PCV3a簇代表株（PCV3-USMN2016,PCV3-US-MO2015）同源性在98. 8%～99. 2%之间,与PCV3b簇代表株（PCV3-US-SD2016）的同源性为98. 8%,与PCV3c簇代表株（PCV3-China-GD-2016）同源性为98. 7%。Cap蛋白氨基酸位点分析显示,LN株在第68位发生突变,与其他代表株都不相同。以上试验结果表明,成功从患有PMWS的仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析。LN株是辽宁省首次发现的PCV3毒株,这些数据将为研究PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。