基于简化基因组测序技术的汶上芦花鸡选择信号分析

汶上芦花鸡(Gallus gallus)是我国唯一的芦花羽国家级地方鸡品种.本研究旨在从基因组水平探究汶上芦花鸡群体的遗传多样性和遗传结构,检测基因组选择信号,发掘汶上芦花鸡的重要种质特性基因.根据地理分布、遗传背景等因素选择汶上芦花鸡与其他23个地方鸡种及3个引进鸡品种作为研究对象,利用酶切位点相关的简化基因组测序(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)技术鉴定基因组SNP,分析比较汶上芦花鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异,并对进化过程中受到选择的基因进行功能注释.结果显示,在汶上芦花鸡群体中检测出SNP标记300543个,鉴定到14个品种特异性SNPs,涉及5个功能基因;遗传结构上,汶上芦花鸡与元宝鸡、天津猴鸡、琅琊鸡、狼山鸡等聚为一类;筛选到16个受选择基因,功能分析表明受选择基因主要参与激素调节、神经系统发育、氨基酸代谢以及生殖细胞分化等生理功能.本研究有助于为汶上芦花鸡的保护和种质特性评价提供重要理论依据.