基于生物信息学方法筛选与胃癌预后及5-氟尿嘧啶疗效相关基因

目的:基于生物信息学方法筛选与胃癌预后、5-氟尿嘧啶疗效相关的生物标志物。方法:从基因表达综合（GEO）数据库下载基于GPL570平台的GSE54129、GSE79973、GSE51725胃癌数据集。从GEPIA2在线基因表达谱分析工具下载前500例胃癌患者总生存（OS）相关基因。利用GEO2R工具鉴别胃癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因，使用STRING数据库建立蛋白质互作网络（PPI）并鉴定关键基因，通过OmicShare平台进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。利用Kaplan-Meier Plotter计算关键基因对患者OS的预测价值，患者样本按基因表达量的最佳临界值分为高表达组和低表达组。结果:共筛选出59个差异表达基因，其中39个上调基因，20个下调基因。通过PPI分析，成对同源结构域转录因子2（PITX2）、肝细胞生长因子（HGF）、成纤维细胞生长因子1（FGF1）、转化生长因子β 2（TGFB2）、凝血酶反应蛋白1（THBS1）是上调基因PPI中的关键基因。生存分析结果显示，FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因低表达的胃癌患者OS均较好（均 P<0.01），THBS1基因低表达的胃癌患者OS较差，但差异无统计学意义（ P>0.05）。采用5-氟尿嘧啶为基础的化疗方案治疗的PITX2基因低表达患者OS较好（ P<0.01），THBS1、HGF基因低表达的患者OS较差（ P<0.05）。富集分析发现关键基因参与调控TGF-β信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路、Ras信号通路、黏着斑通路。 结论:FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因表达与胃癌预后相关，PITX2、THBS1、HGF表达与5-氟尿嘧啶疗效相关，可能作为胃癌患者氟尿嘧啶治疗敏感性的预测标志物。