北京黑猪HoxB簇基因多态性与脊椎数及胴体性状的关联分析

旨在对北京黑猪HoxB簇9个基因(HoxB1-7、9和13)的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)进行关联分析.本研究提取251头220日龄的健康北京黑猪耳组织DNA,对HoxB簇的9个基因通过引物设计、聚合酶链式反应(PCR)技术、Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,并计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析.结果,本试验共筛选到4个基因共12个非编码区的(UTR)SNPs,包括HoxB2基因的1个5'UTR突变、HoxB5基因的2个3'UTR突变、HoxB9基因的2个3'UTR突变以及HoxB13基因的7个3'UTR突变.将12个SNPs分别与脊椎数和胴体性状使用Duncan's多重检验统计分析发现,HoxB2基因的1个5'UTR突变(c.40 C＞T)、HoxB5基因的2个3'UTR突变(c.1766 A＞G、c.1767 A＞G)均与性状关联不显著(P＞0.05);而HoxB9基因中的1个3'UTR突变(c.2743 C＞T)与胴体性状关联显著(P＜0.05),HoxB13基因中的2个3'UTR突变(c.1863 G＞A、c.1440 A＞C)与脊椎数关联显著(P＜0.05).综上所述,9个HoxB簇基因中仅HoxB9基因中1个3'UTR突变c.2743 C＞T与胴体性状关联显著(P＜0.05),HoxB13基因2个3'UTR突变c.1863 G＞A、c.1440 A＞C均与脊椎数性状关联显著(P＜0.05),这3个位点可作为北京黑猪脊椎数及胴体性状变异的候选基因功能位点.