头颈癌核心基因筛选及其预后分析

目的 利用生物信息学方法,筛选与头颈癌发生发展相关的差异表达基因,并进行相关的预后分析,寻找头颈癌新的诊断标志物以及治疗靶点.方法 在GEO数据库中下载头颈癌相关数据集GSE83519,利用GE02R分析其差异表达基因,并对其进行功能注释及通路富集分析.通过STRING网站与Cytohubba软件筛选核心基因.利用UALCAN在线网站筛选预后相关基因,并使用cBioPortal在线工具对预后相关基因在头颈癌中的基因突变进行分析.结果 GE02R分析结果显示,GSE83519筛选出371个差异表达基因,其中含240个上调基因和131个下调基因.功能富集分析结果表明,差异表达基因主要与对氧含量的反应,凋亡信号通路的负调控等有关.通路富集分析表明差异表达基因主要涉及癌症通路,细胞凋亡通路等.Cytohubba软件筛选出25个核心基因,这些基因参与了结直肠癌,乳腺癌,食管癌等多个癌症的发生发展,其中CASP8、CXCL12、MMP9等基因已被证实与头颈癌发生风险相关.通过UALCAN网站发现四个核心基因IL6、CD28、HDAC1、ESR1与头颈癌的预后相关.cBioPortal分析结果显示,四个预后相关基因在头颈癌的发生发展中均存在基因突变.结论 本研究筛选出了四个与头颈癌预后相关的基因,这些基因在头颈癌中存在基因突变的现象,有望成为临床诊断及治疗的新靶点.