牛冠状病毒的全基因组测序及遗传进化分析

为了解热带地区牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)感染情况,对2019年1月～12月云南景洪采集的214份牛食道-咽喉部分泌物(esophagus-pharyngeal secretion,OP液)进行筛查,针对BCoV S蛋白基因片段进行RT-PCR扩增和测序,阳性样品分段扩增病毒全基因序列,进行同源性及遗传进化分析.结果显示,1份牛OP液样品中扩增到BCoV S蛋白基因目的片段622bp,且与中国、越南、美国、瑞典等国家分离的BCoV位于同一分支,属于冠状病毒β属A亚群病毒;全基因组序列分析该毒株与美国毒株US/OH3/2006相似性达到99.33％,二者具有较高的同源性;结构蛋白HE、S、M、N与US/OH3/2006毒株相似性分别为99.29％、99.36％、99.42％和100％,结构蛋白基因主要变异位点在HE基因,其次为S基因.研究结果为进一步开展BCoV分子流行病学以及检测研究提供科学依据.