系统性红斑狼疮B细胞差异表达基因生物信息学分析

目的 研究系统性红斑狼疮(SLE)患者B细胞差异表达基因及其功能.方法 从NCBI-GEO数据库下载SLE患者B细胞转录组数据集—GSE4588、GSE10325及GSE30153.利用GEO2R筛选SLE患者与健康者B细胞之间的差异表达基因(DEGs),取交集筛选三个数据集共有DEGs.利用DAVID对共有DEGs进行基因本体(GO)和KEGG通路富集分析.利用STRING对DEGs编码蛋白进行蛋白互作网络(PPI)分析.结果 共筛选出9个DEGs,其中USP18、RRM2、OAS3、MAN1A1、IFITM1、IFI44L、IFI44及CD38在SLE患者B细胞中表达显著上调,CD1C表达显著下调.GO分析显示:上述DEGs参与病毒的响应、病毒防御、病毒基因组复制负调控、Ⅰ型干扰素信号通路生物学过程.KEGG通路分析显示:DEGs与造血细胞谱系相关.PPI分析结果显示:USP18、OAS3、IFITM1、IFI44L及IFI44彼此间存在蛋白互作,CD38与CDC1之间存在互作,而MAN1A1及RRM2与其他DEGs之间均无互作.结论 SLE患者B细胞DEGs主要参与病毒相关的免疫调控生物学过程,表明病毒感染或其他原因导致的此类免疫响应在SLE发生发展过程中作用关键.