一株降解邻苯二酚的非脱羧勒克氏菌YZ30全基因组分析

通过对金乡大蒜根际土壤的分离、筛选,获得一株体内存在降解邻苯二酚等芳香族化合物及氧化砷、铜等代谢途径的菌株,经16S rDNA鉴定为非脱羧勒克氏菌,命名为YZ30,并进行了全基因组测序.该菌株利用二代Illumina Hiseq和三代PacBio相结合的的测序方式,运用SOAPdenovo软件进行数据组装,采用BLAST+、eggNOG、PromPredict、antiSMASH、IslandPath-DIMOB等软件进行基因预测、基因注释、启动子预测、次级代谢产物基因簇预测和基因组岛预测等.最终测得包括两个质粒基因组在内,总长度为4 958 825 bp,G+C含量平均为56.02％,预测到 4 725 个基因、57 个串联重复序列、85 个 tRNA、25 个 rRNA.在 NR、Swiss-Prot、Pfam、COG、GO 和KEGG数据库中,分别有4 724,3 984,4 127,4 285,3 490和2 976个基因能够提取到注释信息.同时,还预测到4个次级代谢产物基因簇.基因组测序数据提交至NCBI获得GenBank登录号:CP068234.此研究从基因组层面上解析了 YZ30菌株降解或氧化金乡大蒜土壤中部分有毒物质的基本原理提供了数据支持,为深入了解、开发非脱羧勒克氏菌处理污染物质提供了思路,对非脱羧勒克氏菌的后续研究具有重大意义.