广西新型鸭呼肠孤病毒流行毒株GX01-2020全基因组分子特征分析

为了解广西新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus,NDRV)流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段进行全基因组序列扩增,经克隆、测序、拼接后,获得1株NDRV全基因组序列(命名为GX01-2020株).结果显示,GX01-2020株基因组全长23 353 bp,分为10个片段,大小从1 194 bp(S4)至3 958 bp(L1)不等.同源性分析显示,GX01-2020株10个片段核苷酸同源性与NDRV代表毒株最高,为86.2％～99.4％,其中μ B片段核苷酸同源性最低的毒株为番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV),其他片段则为鸡源禽呼肠孤病毒(chicken-origin reovi-rus,CRV),说明不同片段来源祖先不完全相同.遗传进化分析显示,10个片段遗传进化树中,L2、L3片段中MDRV参考毒株及a A片段中NDRV参考毒株均形成两个进化分支,与其他片段不同,说明不同片段与参考毒株的遗传关系不尽相同.重组分析显示,GX01-2020株的L1片段存在重组信号,重组亲本毒株分别为北京MDRV_J18株和福建DRV_NP03株.本研究丰富了 NDRV基因库相关信息,同时为广西地区NDRV的分子流行病学研究和有效防制措施制订提供了一定的参考.