沙鞭转录组简单重复序列(SSR)位点特征分析

沙鞭是禾本科、沙鞭属的一种多年生大型根茎类草本植物,主要分布于青海柴达木盆地和内蒙古高原及其毗邻荒漠地区,具有较强的耐旱、耐寒、耐碱、抗风沙和抗病能力.本研究使用MISA(Microsatellite identification tool)软件对沙鞭全长转录组测序获得的184076条Unigenes的SSR位点进行搜索和特征分析,共获得3563个SSR重复序列,分布于56824条Unigenes上,SSR发生和出现频率分别为30.87％ 和50.83％;重复类型以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主.单核苷酸重复中,(A/T)n基元类型占总SSR位点的42.26％;二核苷酸重复优势基元类型为(AG/CT)n,占总SSR位点的9.29％.SSR数量随重复次数增加而降低;重复次数类型随基元序列长度增长而减少.此外,本研究还得到沙鞭29444条和10864条Unigenes的KOG和GO注释,其主要集中于翻译后修饰、蛋白质周转、催化活性和代谢过程.因此,本研究认为沙鞭转录组SSR序列呈现较高的多态性潜能,具有较大的开发价值,为今后沙鞭分子标记开发、辅助育种、种质资源评价提供了理论依据.