基于PRRSV ORF5基因TaqMan qPCR检测方法的建立及遗传变异分析

为了快速、高效、准确地检出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),并进一步了解河北部分地区的流行毒株遗传变异情况,本研究根据PRRSV经典、高致病性和NADC30代表毒株ORF5基因保守序列设计特异性引物和探针,建立了一种通用型TaqMan qPCR检测方法以实现对猪场的全面筛查,并对筛查出的阳性样品ORF5基因扩增测序后进行遗传进化分析.结果显示:该方法与PRV、PCV2、PEDV、CSFV、TGEV、RV均无交叉反应,特异性强;对重组质粒pMD19T-PRRSV标准品的最低检测下限为2.19×101拷贝/μL,敏感性高;组内和组间变异系数均小于1％,重复性好;在临床样品检测中较普通PCR有更高的检出率;扩增出的5株PRRSV流行毒株均为美洲型毒株,5株PRRSV流行毒株之间核苷酸序列同源性为82.9％～99.8％,氨基酸序列同源性为82.1％～99.0％;氨基酸序列与国内外已报道的代表株相比在GP5抗原表位及高变区分别存在着不同的差异.结果表明:河北部分地区当前流行毒株复杂多样,优势毒株正从高致病性毒株逐步向NADC30类毒株过渡,提示持续监测PRRSV流行毒株变异动态的必要性,为PRRSV的防控、临床诊断及掌握遗传变异规律提供依据.