苹果SHR亚家族基因特征及其器官表达谱分析

SHR(SHORT-ROOT)是植物特异性转录因子GRAS的一个亚家族,本研究基于拟南芥SHR序列,从苹果、白梨、蜜柚、甜橙和掌叶覆盆子全基因组数据库中分别获得9、10、5、5和4个SHR亚族成员基因,比较了它们的特征,重点分析了苹果MdSHR蛋白结构及其基因的器官表达.结果表明,所得SHR亚家族成员编码蛋白分子质量在29743.72～6225 1.21Da,全部定位于细胞核.苹果MdSHR在染色体上有1对串联复制基因和1对共线性基因;MdSHR编码蛋白含有10个保守基序,其中5个为所获SHR亚家蛋白共有.MdSHRs和AtSHRs的蛋白二级结构都以无规卷曲和a螺旋为主,大部分MdSHRs和AtSHRs的蛋白三维结构相似;9个MdSHRs基因的启动子上含有胁迫响应及激素应答相关元件.器官表达谱分析显示,大部分MdSHRs的表达量在苹果果实和花中较高,在种子和枝条中较低,在根系和幼苗中更低,而MdSHR3在不同器官的表达水平与其他MdSHRs的情况基本相反.