单叶铁线莲叶绿体基因组的序列特征与系统发育分析

目的 以药用植物单叶铁线莲Clematis henryi叶片为材料,在高通量测序、组装和序列分析的基础上,明确叶绿体因组的序列特征和系统发育关系.方法 利用CTAB法提取叶片基因组DNA,通过NovaSeq 6000平台测序,再用NovoPlasty组装叶绿体基因组,借助PhyML生成系统发育树.结果 单叶铁线莲的叶绿体基因组全长159 707 bp,GC值为38.0％,大单拷贝区、小单拷贝区和反向重复序列的长度分别为79449、18 100、31 079 bp;单叶铁线莲的叶绿体基因组总共有基因137个,其中蛋白质编码基因、tRNA、rRNA的数量分别为91、36、8,另有2个假基因,分别为Ψycfl和ΨinfA.序列比对结果表明,单叶铁线莲与牯牛铁线莲叶绿体基因组的相似性最高,达99.6％;共检测到41个SSR,其中40个为单核苷酸重复,1个为三核苷酸重复.系统发育分析结果表明,单叶铁线莲与牯牛铁线莲和大叶铁线莲聚于一组,支持率达100％.结论 单叶铁线莲叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为该药用植物的遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础.