RAD-seq技术研究鹅掌楸属种源遗传多样性和遗传结构

[目的]揭示鹅掌楸属遗传结构和地理变异特点,为鹅掌楸属遗传资源的保存、利用及改良提供依据.[方法]以9个鹅掌楸种源97份样本和4个北美鹅掌楸种源46份样本为材料,采用RAD-seq测序鉴定各样本SNP标记,计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、核苷酸多样性(π)和基因分化系数(Gst)等遗传统计量指标,分析鹅掌楸属种源遗传多样性和遗传结构.[结果]在143份鹅掌楸属样本中共鉴定出4454个高质量的SNP标记;鹅掌楸种源之间存在较大的遗传分化以及中水平的基因流(Gst=0.2419、Nm=0.8051),北美鹅掌楸种源之间存在很大的的遗传分化以及低水平的基因流(Gst=0.3886>0.25、Nm=0.3970);通过结构分析将13个鹅掌楸属种源分为3个类群,其中9个中国的鹅掌楸种源被分为东部种源群(即类群2)和西部种源群(即类群1),类群3均为北美鹅掌楸,遗传多样性顺序为:类群3>类群1>类群2.[结论]鹅掌楸属遗传结构的形成与其地理隔离和片段化分布有关,且存在由于小群体效应和片段化影响导致的濒危现象,本研究开发的SNP标记可为鹅掌楸属分子鉴定、种质创新及种质资源收集与保存提供参考.