马克斯克鲁维酵母FIM1基因组分析

马克斯克鲁维酵母(Kluyveromyces marxianus)是一种富有潜力的新型细胞工厂宿主菌.K.marxianus FIM1(CGMCC No.10621)基因组组装与注释已于2019年完成并在NCBI上公布(GCA_001854445.2),但在应用该基因组信息时发现其仍不完善.所以本研究使用重测序的DNA-seq数据校验了 K.marxianus FIM1的基因组序列,随后补充了 K.marxianus FIM1的注释,并使用比较基因组学的方法进一步完善了 K.marxianus FIM1的基因组信息.根据重测序比对结果,删除了测序数据无法覆盖的位点61处,共4 910 bp.K.marxianus FIM1新序列总长为10 909 543 bp,可覆盖酵母目保守基因库中99.5％的基因.同时对K.marxianus FIM1的非编码RNA、次级代谢产物基因簇的也进行了补充注释.进一步,我们使用基因组共线性分析的方法分析了 K.marxianus FIM1在物种分化过程中基因排列顺序保守的区域,并将K.marxianus FIM1与NCBI公布的11株K.marxianus进行了种内基因组比较.发现12株K.marxianus早在约180万年前分化为两个亚型,它们共有的同源基因家族有4 009个,基因组中核心基因平均占比为79.88％,预测K.marxianus为闭合型泛基因组,核心基因数为3 760个,为K.marxianus FIM1遗传学的研究与遗传工程的改造提供了数据支持.