食用黄花菜SSR标记开发及指纹图谱库构建
Food and Fermentation Industries（2022）
摘要
利用转录组测序技术开发SSR标记,旨在为食用黄花菜种质资源鉴定、评价及遗传多样性分析提供技术支撑.测序共得到104177个Unigene,总长度为79106833 bp,平均长度为759 bp,利用MISA软件对Uni-gene进行搜索,共检测到15890个SSR,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复占比较高,分别为18.57％、27.23％和44.26％.设计合成SSR引物114对,通过聚丙烯酰氨凝胶电泳最终筛选出20对核心引物,20对引物在43份黄花菜种质中共检测到88个等位变异,每个位点的等位变异数为3～8个,平均为4.4个,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值变幅为0.23～0.77,平均为0.4995.依据扩增产物的片段大小确定了每个SSR位点的等位变异以及对应的参照品种,建立了基于SSR的DNA指纹鉴定技术体系,并构建了43份黄花菜种质的DNA指纹数据.该研究开发的SSR标记具有丰富的多态性.
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