基于重测序的41份芝麻种质资源全基因组序列分析

为揭示贵州不同生态区域芝麻种质全基因组突变类型,通过41份芝麻种质资源的全基因组重测序对单核苷多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)、小片段插入缺失(Insertion-deletion,InDel)和结构变异(Structural Varia-tion,SV)等进行检测并注释,明确各突变在全基因组范围内的突变数量与位置信息,并基于SNP数据对41份芝麻种质资源进行种群结构分析.结果表明,共检测到SNP位点20940797个,InDel位点2989500个,SV位点138135个,其中SI_35材料的SNP、InDel、SV三个变异类型位点数量均为最多,分别为1032613个、144363个、5328个.群体结构分析结果显示,41份芝麻种质资源包含4个亚群;主成分分析结果显示,各芝麻种质在主成分1、主成分2之间的相互距离及位置基本符合进化树和群体机构的分析结果.本研究为贵州芝麻种质资源的研究提供了初步的进化框架.