鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR靶基因的预测及验证分析

目的筛选鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR的靶基因，为明确sRNA与靶基因的互作以及沙门菌的致病机制奠定基础。方法利用TargetRNA2软件预测sRNA SdsR的靶标，基于前期的sRNA SdsR敲除后转录组测序结果，将预测到的基因注释到GO、KEGG以及eggNOG数据库中进行分析，通过RT-qPCR对预测到的杂交能量较高的部分靶基因进行验证。结果TargetRNA2软件预测到29个靶标，其中hemA、STM0951、mreC、STM1252、dcoC的杂交能量较高，且能与sRNA SdsR有连续的碱基匹配，分别与鼠伤寒沙门菌血红素合成、氧化还原过程、草酰乙酸脱羧酶的合成、膜的组成部分、细胞质蛋白的合成有关。RT-qPCR结果显示，相对于野生菌株3409，敲除sRNA SdsR后hemA、mreC的表达分别下调0.70和0.39倍；STM0951、STM1252、dcoC的表达分别上调0.51、0.35和1.86倍。结论hemA、 STM0951 、mreC、STM1252 、dcoC基因很可能受sRNA SdsR的直接调控且对某些靶基因的表达有促进作用。