Otimização do espaço de memória das estruturas internas de um contabilizador de frequência de repetição de k-mers

Matheus P. Ferreira, Fabio T. Ishikawa,Fabricio G. Vilasbôas,Calebe P. Bianchini

Anais da XII Escola Regional de Alto Desempenho de São Paulo (ERAD-SP 2021)（2021）

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摘要

Nesse artigo apresentamos o CFRK-MC, um contabilizador da frequência de repetição de k-mers otimizado para ambientes de memória compartilhada baseado no CFRK. O CFRK-MC apresentou uma redução de 11,5x no tempo total de execução em relação à versão original, apresentando também uma redução consistente de ocupação de memória.

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k-mers

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