乙肝病毒核心蛋白序列特征的生物信息学分析

目的 乙型肝炎病毒C基因编码的核心(HBc)蛋白抗原性强,也与持续性病毒感染有关.采用生物信息学方法分析HBc蛋白的结构和序列特征,有助于HBc蛋白的优化表达和纯化,并为乙肝患者的治疗以及疫苗的研制提供参考.方法 乙肝病毒HBc序列的获取来源于NCBI网站GenBank数据库.运用Prot-Param和ProtScale工具在线预测乙肝病毒HBc的理化性质及其亲疏水性;通过在线软件SignalP 4.0 Server和TMHMM分别分析该序列的信号肽特征,跨膜区域及磷酸化位点;利用SOPMA和SWISS-MODEL全自动在线软件预测其二级结构和三级结构模型;利用IEDB Analysis Resource,ABCpred 和 SYFPEITHI HLA-A* 02:01 预测该蛋白抗原表位,利用 Venny2.1.0工具筛选该蛋白最佳表位形成位置等.结果 HBc蛋白由212个氨基酸组成,分子式为C1086H1710N314O300S12,分子质量单位为24.35017 ku,理论等电点为9.49.为不稳定亲水性蛋白质.该蛋白质具有信号肽,没有跨膜区域,具有40个潜在的磷酸化位点.预测其主要二级结构为α螺旋和无规卷曲,含量分别36.32％和41.04％.结合HBc蛋白序列的T、B细胞表面抗原、表面可及性、β转角、线性表位的预测结果,发现HBc蛋白具有T、B细胞抗原表位,并且存在4个潜在的优势抗原决定簇区域,分别为37-38、110、158-164、180-208位氨基酸.结论 生物信息学方法预测HBc蛋白存在潜在的抗原表位区域,具有多个磷酸化位点.这有利于疫苗的研发与制备.