2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析

目的 了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异.方法 对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析.结果 获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80％～99.98％ (99.64％～99.93％),在进化树上处于同一分支,与广州2018年肺炎病人中获得的MK334046.1毒株距离最近.氨基酸变异分析表明结构蛋白中S、M蛋白变异性较大.与B基因型参考株对比发现,S蛋白中发现2处氨基酸位点变异:位于散发疫情毒株S1蛋白NTR区L196F和位于聚集性疫情毒株S2蛋白A946S.N-糖基化位点预测发现S蛋白N-糖基化位点有10个,M蛋白N-糖基化位点有2个.结论 本研究中的4株冠状病毒源自广州毒株的可能性大,在一定程度上可为HCoV-NL63防控工作提供生物学溯源依据.