不同生物型BVDV的NS2-3基因生物信息学分析

为了探索牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea-mucosal virus,BVDV)NS2-3基因的生物学特征,试验以不同生物型(ncp型和cp型)BVDV NS2-3基因序列及其蛋白氨基酸序列为研究对象,应用生物信息学软件对不同生物型BVDV的NS2-3基因序列同源性、遗传进化关系、磷酸化位点、糖基化位点、酰基化位点、信号肽、亚细胞定位、同源重组及B细胞线性表位进行预测分析.结果 表明:ncp JL株NS2-3基因核苷酸序列与ncp P1285株同源性较高,cp Singer Arg株NS2-3基因核苷酸序列与cp/ncp NADL株同源性较高;ncp JL株与ncp Nebraska株及ncp P1285株遗传进化关系较近,cp Singer Arg株与cp/ncp NADL株、cp BVDV-1株遗传进化关系较近;不同生物型NS2-3蛋白所含磷酸化位点及糖基化位点数量不同,但均含有信号肽;ncp JL株NS2-3蛋白定位于宿主细胞核,而cp Singer Arg株NS2-3蛋白定位于宿主细胞核和宿主细胞质中;ncp JL株和cp Singer Arg株都与cp/ncp NADL标准株发生了基因重组;不同生物型BVDV都含有其特异线性表位.说明不同生物型BVDV的NS2-3蛋白在结构及理化性质等方面具有差异,可作为区分ncp型及cp型BVDV的指标.