鸡IFIT5基因编码区多态性及生物信息学分析

为探究鸡IFIT5基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR技术对IFIT5的CDS进行扩增,并结合多种生物信息学等方法对蛋白的理化性质及蛋白结构功能进行系统性预测分析.结果显示:通过PCR成功克隆了 IFIT5外显子2的CDS区域,测序结果为1411 bp;经分析得到完整的IFIT5 CDS区为1 440 bp,共编码479个氨基酸,测序比对结果准确.IFIT5蛋白为不稳定的、小分子的、非分泌型的亲水蛋白,且具有磷酸化和糖基化位点;二级结构主要以α-螺旋为主,结构域以TPR结构域为主.研究发现了 12个SNP,其中SNP1(g.405 G＞A)和SNP9(g.1 124 G＞A)在原鸡为A,在家鸡中已固定为G;只有SNP8(g.110 8 A＞G)和SNP12(g.1 273 A＞G)位点具有中度多态性,其他位点是低度.12个SNP位点中存在4个nsSNP位点(D370N、Y375C、N402K和G425R).其中D370N、Y375C和N402K位点被预测为有害性位点;并且D370N和N402K突变可能改变相关氨基酸的氢键数目和蛋白的高级结构,进而影响蛋白的结构和功能.这些nsSNP位点,特别是D370N和N402K可尝试作为鸡先天免疫的候选分子标记,为遗传资源的保护及抗病性分子育种提供理论依据.