西南桦叶绿体基因组密码子偏好性分析
Genomics and Applied Biology（2020）
Abstract
密码子偏好性广泛存在于各种植物中.本研究利用Codon W和在线软件CUSP分析西南桦(Betula alnoides)叶绿体基因组中的45条蛋白编码序列.结果 显示,西南桦叶绿体基因组的ENC值在36.86～56.10之间,密码子第3位上的GC含量为27.80％,RSCU＞1的密码子中有23个以A或U作为结尾,说明其密码子偏好以AU结尾;ENC与密码子第3位碱基的GC含量呈显著相关;3种图形分析均表明西南桦叶绿体基因组密码子偏好性受突变影响较大;最优密码子以C结尾的有7个,G结尾的有2个,U结尾的有1个.本研究为西南桦无性系地理种源鉴定、保持种源多样性提供了科学依据.
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