生物信息学分析鉴定肝细胞癌中的关键基因和信号通路

肝细胞肝癌是死亡率较高的癌种之一.本研究旨在为HCC的发生发展机制研究提供更多数据支持,从而对HCC的基因治疗提供一定的理论基础.从GEO数据库检索下载肝癌患者芯片数据GSE62232,包括10个正常肝脏样本,81个HCC患者的肿瘤样本.用Limma包分析HCC肿瘤组织中与正常肝组织中差异表达基因.随后进行基因本体论(GO)和信号通路(KEGG)富集分析.Cytoscape的MCODE插件用于分析差异基因的蛋白质相互作用关系.并筛选出Hub基因并应用Kaplan-Meier分析其在肝癌患者中的总体存活率情况.筛选得到237个DEGs(82个上调基因和155个下调基因),主要富集在视黄醇代谢通路,P53信号通路和PPAR信号通路.从PPI网络中鉴定出2个关键子网络和29个Hub基因;并得到与肝癌患者预后不良相关的8个基因的生存曲线.本研究可为HCC的发生发展的机制研究和药物靶点提供新的研究方向.