中国蜜蜂西奈湖病毒基因组测序与系统发育分析

[目的]获得广东省西方蜜蜂Apis mellifera所携带西奈湖病毒(Lake Sinai virus,LSV)基因组全长序列,并进行系统发育分析,确定其分类地位.[方法]利用Sanger测序得到广东省西方蜜蜂所携带的LSV基因组全长,命名为LSV GIABR并上传至GenBank.从基因库中下载28个LSV基因组全长序列,以及34条RDRP序列,利用软件MEGA.X,分别使用最大似然法(Maximum Likelihood)和邻接法(Neighbor-Joining)构建的系统发育树,确立LSV GIABR的分类地位.另外,使用软件RDP4.0分析基因组是否发生重组及重组位置.[结果] LSV GIABR基因组全长5 910 nt,包含ORF1(基因组位置78-2615),RDRP(1852-3720),核衣壳蛋白Capsid (3739-5301)和ORF4 (5346-5798).全基因组和RDRP基因系统发育分析确定LSV GIABR属于LSV2,基因组重组分析推测其可能是美国和澳大利亚的LSV2株系的母本.[结论]从广东省西方蜜蜂检测到的LSV基因组全长为5 910nt,属于LSV2,并可能是美国和澳大利亚的LSV2株系的母本.