埃可病毒7型分离株全基因序列分析

埃可病毒7型(Echovirus 7,ECHO7)属于小RNA病毒科人肠道病毒属,常引起儿童病毒性脑炎、手足口病和急性迟缓性麻痹等疾病.为了解病毒性脑炎患者脑脊液中分离获得的一株ECH07毒株(40/Longyou/ZJ)的全基因组特征,进行全基因组测序并分析其分子变异和遗传进化特点.设计引物,提取病毒RNA,PCR扩增和序列测定获得全基因序列.利用Mega4.1、DNAstar、RDP4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列.40/Longyou/ZJ病毒株基因组全长7426个核苷酸(nt),5'端和3'端分别为741nt和100nt的非编码区(Untranslated region,UTR),5'UTR和3'UTR间为一个6585nt长的开放阅读框,编码含2194个氨基酸的多聚蛋白.与GenBank中12株ECHO7代表株的全序列比较发现,核苷酸相似性为79.3％ ～ 85.7％,氨基酸相似性为95.5％ ～ 97.8％.基于5'UTR、P1和P2区构建的遗传进化树中,40/Longyou/ZJ株与ECHO7参考株均在同一进化分支;但在P3区的遗传进化树中却与其他肠道病毒B组病毒聚类.RDP4和SimPlot3.5.1软件分析均证实40/Longyou/ZJ分离株与柯萨奇病毒B组4型(Coxsackievirus B4,CVB4)存在基因自然重组现象,重组位点主要在编码逆转录酶蛋白的3D区.本研究首次对我国脑脊液中分离的ECHO7进行全基因序列测定和分析,发现40/Longyou/ZJ分离株与CVB4存在基因重组,对研究ECHO7的遗传特性具有重要意义.