基于生物信息学方法分析SOX11与乳腺癌患者临床参数、预后的关系及其调控通路

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,采用生物信息学方法分析乳腺癌组织中高迁移率族蛋白框11(SOX11)的表达变化,观察SOX11与患者临床参数、预后的关系,并分析其参与乳腺癌发生发展的相关调控通路.方法 从TCGA数据库中下载乳腺癌组织中SOX11转录组数据及乳腺癌患者的临床相关资料,使用R程序提取并比较乳腺癌组织和正常乳腺组织中SOX11表达情况,以SOX11表达中位值(5.5423)为界,将897例临床资料完整的乳腺癌患者分为SOX11高表达者459例和SOX11低表达者438例.比较SOX11高、低表达者的临床参数(年龄、Stage分期、T分期、淋巴结转移、M分期)及总体生存期(OS)、无病生存期(DFI)、疾病特异生存期(DSS)、无进展生存期(PFI).构建蛋白质相互作用关系(PPI)网络图,筛选与SOX11互作的核心基因,并对其进行基因本体论(GO)功能和京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 乳腺癌组织SOX11表达高于正常乳腺组织,表皮生长因子受体2(Her-2)过表达型、Basal-like型乳腺癌组织SOX11表达均高于Luminal A型、Luminal B型、Normal-like型(P均<0.05).SOX11高表达者年龄≤58岁及T1～T2分期的比例均高于SOX11低表达者,DSS、PFI均低于低表达者(P均<0.05).SOX11高、低表达者的Stage分期、淋巴结转移、M分期比例及OS、DFI比较均无统计学差异(P均>0.05).构建PPI网络后共得到SOX11互作的核心基因313个,主要有配对盒基因6(PAX6)、锌指蛋白2(ZIC2)、转录激活因子3(ATF3)、巯基氧化酶1(QSOX1)、长链非编码RNA-POU3F3等.GO功能分析结果显示,PPI网络中的互作基因主要参与细胞周期、细胞分裂相关的生物过程和功能.KEGG通路富集分析结果显示,PPI网络中的互作基因主要富集到p53、Her-2、FOXO等信号通路.结论 SOX11在乳腺癌组织尤其是Her-2过表达型和Basal-like型乳腺癌组织中表达升高,SOX11高表达可能通过p53、Her-2、FOXO等信号通路促进了乳腺癌的发生发展,并提示患者预后不良.