不同种源蒙古栎遗传变异

分析蒙古栎EST序列和叶绿体全基因组SSR位点信息,开发SSR引物,对蒙古栎群体遗传变异进行分析,为蒙古栎分子标记辅助育种奠定基础.利用est-trimmer、CAP3对蒙古栎EST序列处理,通过perl结合MI-SA、Primer3和Electronic PCR查找SSR位点,设计引物并筛选验证.EST序列中发现SSR位点163个,主要重复类型为二核苷酸.叶绿体基因组上88个SSR位点以单核苷酸重复为主.7对引物共检测到37对等位基因,平均等位基因数(Na)=5.286,Shannon's信息指数(I)=1.291,期望杂合度(He)=0.622,多态性信息含量(PIC)=0.692;群体间遗传分化系数(Fst)=0.147,基因流(Nm)=1.933;AMOVA分析表明,种源间遗传变异占10.216％.蒙古栎种源群体间存在中等水平的遗传分化,其遗传变异主要来源于种源内,且种源间的遗传变异与地理距离无显著相关性.基于EST序列及叶绿体基因组SSR位点信息,有效开发SSR引物,为蒙古栎遗传多样性研究提供更多的标记支持.