加权共表达网络分析确定甲状腺乳头状癌淋巴结转移和远处转移相关核心基因

目的:筛选甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移和远处转移相关核心基因.方法:对TCGA数据库中PTC的数据样本进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出与PTC发生淋巴结转移和远处转移相关性最高的候选核心基因.利用基因表达数据库中的GSE3678数据集、Oncomine数据库和86对PTC患者组织进行验证,并分析其与临床病理特征间的相关性.结果:筛选出6个与PTC淋巴结转移密切相关的核心基因(CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP、LPAR5和GPC3)和3个与PTC远处转移密切相关的核心基因(LAMA2、GPC3和CCL17).经过PTC和癌旁组织验证,CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP和LPAR5在PTC中明显高表达,而GPC3在PTC中显著低表达,且均与颈部淋巴结转移密切相关(P<0.05).另外,LPAR5在肿瘤>2 cm的PTC中表达更高,而GPC3在双侧PTC中的表达更低(P<0.05).结论:通过WGCNA的方法筛选出与PTC淋巴结转移和远处转移密切相关的核心基因,可为PTC的诊断和治疗提供潜在的基因靶点,为PTC转移相关分子机制的研究提供新的方向.