基于简化基因组测序(SLAF-seq)对贵州辣椒品种亲缘关系分析

为研究贵州地方辣椒品种亲缘关系以及开发其特异性SNPs标记,最终为实现创制贵州辣椒种质、优化育种策略和构建地方辣椒种质优势群体提供理论依据,本研究以收集的30份贵州地方辣椒品种为材料,利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对其进行测序、分析,同时以'遵辣1号'基因组为参考基因组,以粳稻(Oryza sativa spp.Japonica)'日本晴'为对照基因组,挖掘和开发贵州地方辣椒种质的特异SNPs标记.结果 表明,从30份辣椒种质中共获得133.54 Mb读长数据,与'日本晴'基因组数据双端比对效率高达96.28％,与参考基因组相比酶切效率为93.47％;进一步分析发现,测序平均Q30为93.47％,平均GC含量为39.45％,共筛选到127064个SLAFs标签.系统进化树和PCA分析表明,30份贵州地方辣椒种质可能源自同一祖先,之后随着进化、演替以及人工选育引起了这些辣椒种质发生了分化.同时,这30份辣椒种质大致可分为3个亚类,其中虾子辣椒、绥阳朝天椒和黄杨小米辣等朝天椒可归属为一类,而线椒品种(六枝辣椒和独山线椒)和皱椒品种(黔西辣椒和平塘辣椒)分别属于不同的两大类.