肺腺癌LINC00982的TCGA表达谱分析及预后意义

目的 通过TCGA数据库对肺腺癌(LUAD)病人相关测序资料进行分析,探讨与LUAD预后相关的长链非编码RNA(LncRNAs).方法 从TCGA数据库下载LUAD的基因表达资料及临床信息,使用edge R包进行差异分析,Survival包行预后分析,加权基因共表达网络分析(WGCNA)包构建共表达网络,寻找与生存显著相关的基因模块,ClusterProfiler包对目标模块的mRNA进行基因本体论(GO)注释和KEGG富集分析.结果 共筛选得到15473个差异表达基因(DEGs),进一步筛选得到187个差异表达的LncRNAs(DELncRNAs),其中80个DELncRNAs表达上调,107个DELncRNAs表达下调.将DELncRNAs纳入Cox危险比例回归模型进行分析,得到影响LUAD病人预后的15个LncRNAs.Kaplan Meier分析验证显示,Cox分析结果中低风险的LUAD病人较高风险者拥有更长的生存期.通过WGCNA生成40个模块,其中violet模块与生存相关性最高(r=0.680,P<0.05);violet模块中的LncRNAs与预后相关的DELncRNAs取交集,通过筛选得到LINC00982.对violet模块的mRNA进行富集分析后显示,LINC00982在血管生成、白细胞介素-6(IL-6)、淋巴免疫等有关的生物学过程(BP)中显著富集,在核染色体等有关的细胞成分(CC)中占比增加,与嘧菌酯域结合等有关的分子功能(MF)有关,主要参与IL-17、PD-L1等相关的信号通路.Pearson分析显示,PRDM16表达水平随LINC00982表达上调而升高(r=0.897,P<0.001),可能为LINC00982的靶基因.结论 LINC00982可能为预测LUAD病人预后的生物学标志物,通过靶控PRDM16参与LUAD的发生发展.